O local a ser dragado foi dividido em dois trechos. O trecho se estende do canal de acesso da barra até a Torre Grande, e as profundidades a serem atingidas são de 14 metros no canal da barra, 13 metros no canal interno até a Torre Grande e 12 metros da Torre Grande à Alemoa, totalizando 2,213 milhões de metros cúbicos de sedimentos. No trecho 2, entre a Torre Grande e a Alemoa, a profundidade do projeto é de 12 metros.
De acordo com o diretor-presidente da Companhia Docas do Estado de São Paulo (Codesp), José Carlos Mello Rego, a obra é fundamental para que o Porto de Santos continue competitivo, já que a tendência atual é a utilização de embarcações cada vez maiores. Desde 1996 a Codesp draga os berços de atracação do Porto de Santos. A última dragagem do canal de navegação foi concluída em dezembro de 2002.