Outra inovação está no módulo WMS (Sistema de Gestão de Armazém), que oferece recursos e processos que maximizam o uso do armazém e auxiliam a mobilidade do gerente de estoques, permitindo que ele acompanhe todas as operações sem ter de estar no ambiente, tendo acesso por meio do dispositivo. O usuário recebe, em tempo real, informações como volume de carga movimentada, taxa de ocupação do armazém ou de cada uma das cargas, índices de qualidade, rupturas de estoque e indicadores de desempenho.
O Sankhya-W 3.0 Web Mobile, que funciona em smartphones e tablets, é compatível com sistemas operacionais como Windows, IOS, Android, entre outros.